教育行政復議程序基本上分為申請、受理、審理、決定和執行幾個步驟。
1．申請
它是指公民、法人或其他組織認為行政機關的具體行政行為侵犯其教育法所保護的合法權益，依照法律規定的條件向有關機關提出複議的要求。申請人應以書面形式在60日內提出複議申請。复議申請書應載明下列內容19請人的自然情況(姓名、性別、年齡、職業、住址等)i被申請人的名稱、地址：申請複議的要求和理由；附交有關的物證、書證或複印件；提出申請的日期。
2．受理
它是指教育行政復議機關基於相對人的申請，經審查認為符合法律規定的申請條件，決定立案並淮備審理的行為。复議機關決定受理的標誌是立案。一旦立案，复議機關必須依法對案件進行審理，复議申請人和被申請人法律地位平等，申請人不得重複申請複議。
3．審理
它是教育行政復議的中心階段。复議機關應當在受理之日起7日內將復議申請書副本發送被申請人。被申請人在收到復議申請書副本之日起10日內，應向复議機關提交作出具體行政行為的有關材料或者證據，以及答辯書。被申請人逾期不答辯的，不影響复議。 复議機關根據复議申請書和被申請人提供的材料、證據和答辯書，對原行政執法決定進行審查。通過審查，查明事實真相，確定原行政執法決定是否違法、失當、侵害了申請入的合法權益。行政復議應以書面形式進行，复議機關認為必要時，也可採取其他方式。
4．決定
它是指對案件進行審理後，在判明具體行政行為的合法性、正當性的基礎上，有關機關作出相應的裁斷。复議機關應在復議期限內(自受理之日起60日內)作出決定。复議決定有：維持決定，補正程序決定，撤銷和變更決定，屆行職責決定，賠償決定。
5．執行 复議決定生效後就具有國家強制力．复議雙方應自覺履行．否則，將強制執行。在教育行政復議的過程中，如果行政機關拒絕屈行複議決定的，复議機關可以直接或建議有關部門對該行政機關的法定代表人給予行政處分：复議參加人或其他人阻礙复議人員依法執行職務的，在未使用暴力和其他威脅手段的情況下，由公安機關給予行政處罰；在使用暴力或其他威脅手段的情況下，則依法追究刑事責仍：复議機關工作人員失職的，复議機關或有關部門應批評教育或給予行政處分，直至追究刑事責任。
儘管教育行政復議作為一種行政救濟手段，具有程序簡便、效率高、辦案快等優點，但畢竟用於行政機關“自己做自己的法官”， 容易產生官官相護的現象。而教育行政訴訟，則體現了法治國家“司法高於行政”的原則。因而，公民、法人或其他組織對教育行政复議不服的，除法律法規有規定的之外，一律可以提起訴訟。這充分體現了司法救濟的最終救濟作用。