复議機關在審理复議案件的過程中不得進行調解，也不得以調解作為結案方式。其原因在於：調解的基礎是雙方地位平等，可以自由處分自己的權利。在教育行政復議中，相對人和行政機關之間的地位並不平等，而且行政機關行使的是國家行政權力，無權自由處分，所以調解在教育行政復議中不能適用。
教育行政復議雖然與教育行政申訴同屆行政救濟渠道，但兩者卻不相同。教育行政復議與申訴的不同之處表現為：第一，提出的原因不同。教育行政復議是在管理相對入認為行政機關的具體行政行為侵犯了其教育法所保護的合法權益時提出的。申訴是在教師、學生、教育行政人員認為其受憲法、法律或組織章程所保護的權益受到侵害時而提出的。因而，提出申訴的原因不僅包括由行政機關具體行政行為所引起的侵害．而且包括行政機關的抽象行政行為所引起的侵害：另外，非行政機關，如學校或其他教育機構所引起的侵害，同樣可以作為申訴的理由。可見，申訴的受案範圍遠遠大於教育行政復議的受案範圍。第二，提出的主體不同。教育行政復議由行政管理相對人提出。所謂行政管理相對人，不僅包括教師、學生、行政機關工作人員，而且包括學校或其他教育機構等組織。而申訴的提出只能是特定的人，如教師、學生、行政機關工作人員，而不能是組織。
教育行政復議與申訴雖然存在較大差異，但仍有交叉之處。例如，當政府部門向教師亂攤派時，教師既可提出申訴，又可提出行政復議。