教育方针在首次提出时的不允许不同思想表达的政治空气，使教育方针成为只能执行、不能讨论、更不能质疑和修正的国家教育命令及意志，其内在的思想和理论缺陷，只能由决策层的核心人物通过自省来解决．很难由决策层之外的人来纠正或完善。而在教育方针产生之前就已经存在的集权教育体制及连续不断的政治运动，则更加强化了这种特色。而在由教育方针主导的教育体制中，各级政府的教盲文件及教育政策，都以领导人的观点或思想为制定依据，并且由各级教育行政部门督促各级学校来负责落实及实施。而为了防止各级学校立足于教育本然逻辑而对教育方针落实不力，便在各级学校中都设立了进行思想领导的政工系统，专门负责执行教育方针中的政治性内容，以保证教育方针的实施。这样便形成了我国教育体制中的党政二元结构，形成我国教育领域中制度性的机构、职能重叠现象，也形成了教育活动中政治目的和教盲目的相互交错、相互干扰的现象。由于教育方针中的核心主旨是政治的目的和原则，因而政治活动中的等级制观念、料层服从观念以及狂热追求权力及利益的逻辑和规律，便被移植到教育领域中来，导致教育领域中也普遍流行官本位的体制、文化、观念和风气。导致有些大学中“校长一走廊，处长一礼堂，科长一操场。”这样，教育本然的知识理性及学术原则，就被官本位的观念和风气湮没了。教育本来应该具有的文化、文明价值和意义就被官本位内含的利益、权势最大化目的代替了。又由于这种制度和模式已经存在了几十年，人们对此也习以为常，司空见惯，因而很少有人会对这种模式的合理性产生怀疑。而人们对于教育中的“理”、“真”等基本问题懒于理会的可怕的迟钝和麻木，表示教育中的精神和品格资源已严重缺失，从而堵塞了人们通过内部自我批评而消除教育弊端的可能性，使教育方针中存在的以特殊性代替普遍性、理性及智性不足等缺陷被强化。而在这些缺陷未能及时完善的情况下，其消极影响则是在所难免了。
